Contribution de l'Institut Pasteur à l'effort national de surveillance moléculaire des "Variants" du SARS-CoV-2

Dans le cadre de leur contribution à l'effort national de surveillance moléculaire du virus SARS-CoV-2, des équipes de l'Institut Pasteur de Tunis (IPT) travaillent ensemble, sous la coordination du Laboratoire de Virologie Clinique de l'IPT, pour détecter des Variants Préoccupants ("Variants Of Concern") et d'Intérêt ("Variants Of Interest") qui circulent déjà ou qui pourraient circuler actuellement en Tunisie.

A cette fin, le Laboratoire de Virologie Clinique (LVC) et le Groupe "Immunobiologie des Infections" (GII) du "Laboratoire de Recherche sur la Transmission, Contrôle et l'Immunobiologie des Infections" (LTCII) ont mis en place une plateforme stratégie de séquençage en deux temps avec un séquençage partiel dans le gène S en premier temps (LVC) suivi d'un séquençage à haut débit du génome complet (GII, LTCII) par la Technologie MinION (Oxford Nanopore Technologies).

Cette approche a permis de détecter pour la première fois et entre autres l'introduction du variant Alpha (B.117, Britannique) en Février 2021 (Fares et al. 2021)* et l'introduction du variant Delta (B.1.617.2, Indien) dernièrement en Juin 2021.

La mise en place du séquençage à haut débit sur le MinION a été possible grâce au soutien du Fogarty International Center (Instituts Nationaux de Santé, USA), de l'Université Johns Hopkins (Baltimore, USA), et avec le support de la "Division Internationale" du Réseau International des Instituts Pasteur et de la Plateforme de Technologie (IPTOmics) de l'Institut Pasteur de Tunis.

A titre indicatif et à la date du 28 juin 2021, le variant Delta a été retrouvé chez 21 cas de COVID originaires de Kairouan, le Grand Tunis, Monastir et Siliana.